馬來西亞博特拉大學工程專業隸屬于工程學院，具備多層面辦學課程，馬來西亞博特拉大學碩士專業分為授課型和研究型，授課型碩士包含了工程管理學碩士、環境技術管理碩士、過程安全和損失預防碩士、水利工程碩士、遙感及 GIS 碩士等，研究型專業包含了巖土工程與地質工程、電力工程、地理空間工程、巖土工程與地質工程等。
馬來西亞博特拉大學工程授課型專業
應急響應及計劃碩士
工程管理學碩士
環境工程碩士
環境技術管理碩士
高速及交通工程碩士
創新及工程設計碩士
制造系統工程碩士
過程安全和損失預防碩士
遙感及 GIS 碩士
結構工程及建設碩士
水利工程碩士
水利管理碩士
馬來西亞博特拉大學工程研究型專業
航空航天工程（Aerospace Engineering）,巖土工程與地質工程（Geotechnical and Geological Engineering）,農業機械化及自動化（Agricultural Mechanization and Automation）,公路和交通工程（Highway and Transportation Engineering）,農業加工工程（Agricultural Process Engineering）,工業工程（Industrial Engineering）,農業廢水工程（Agricultural Waster Engineering）,制造系統工程（Manufacturing Systems Engineering）,汽車工程（Automotive
Engineering）,材料工程（Materials Engineering）,生物化學工程（Biochemical Engineering）,機械工程（Mechanical Engineering）,生物醫學工程（Biomedical Engineering）,包裝工程（Packaging Engineering）,化學工程（Chemical Engineering）,光子學工程（Photonics Engineering）,工程計算方法（Computational Methods in Engineering）,項目管理（Project Management）,計算機和嵌入式系統工程（Computer and Embedded Systems Engineering）,遙感（Remote Sensing）,計算機網絡（Computer Networks）,安全，健康和應急管理
（Safety,Health and Emergency Management）,控制系統工程（Control System Engineering）,傳感器技術（Sensor Technology）,電力工程（Electrical Power Engineering）,信號處理（Signal Processing）,電子工程（Electronic Engineering）,土壤和水利工程（Soil and Water Engineering）,環境工程（Environmental Engineering）,結構工程（Structural Engineering）,農場結構（Farm Structures）, 水資源工程（Water Resource Engineering）,食品工程（Food Engineering）,無線通訊和網絡工程（Wireless Communications and Networks Engineering）,地理信息系統（Geographic Information System） ,地理空間工程（Geospatial Engineering）
