馬來西亞理工大學專業廣泛，本科專業涵蓋了心理學與人力資源開發、工業數學、機械精密工程、物理科學、地理信息科學、市場營銷管理等，碩士專業涵蓋了建筑學碩士、課程和教學碩士、土木工程、運輸規劃、技術與職業教育、房地產等，博士專業包含了化學博士、數學博士、管理學博士、信息系統博士等，作為公立大學，馬來西亞理工大學專業設置多以理論學科為主。
馬來西亞理工大學本科專業
馬來西亞理工大學共有12個學院，是一所綜合型大學，專業非常廣泛，有文、理、工、商、醫科等各類專業。目前，馬來西亞理工大學本科有以下專業：
工程學院：生物醫學工程，化學工程，核工程學，化學工程（生物過程方向），化學工程（氣體方向），石油工程，土木工程，軟件工程，計算機網絡和安全，圖形和多媒體軟件，電子工程，電氣工程，機械工程，機械工程（材料方向），機械工程（工業方向），機械工程（航空方向），機械工程（汽車方向），機械工程（制造方向），海軍建筑和海洋工程
人文和社會科學學院：教育專業（英語教育方向），人力資源，心理學與人力資源開發
建筑環境與測量學院：建筑科學，數量測量，建設科學，城市與區域規劃，景觀建筑，測繪工程，地理信息科學，土地管理和開發，物業管理
科學學院：生物科學，化學科學，數學科學，物理科學，工業生物學，工業化學，工業數學，工業物理
商學院：會計，市場營銷管理，管理學（技術）
日馬國際技術學院：電子系統工程，機械精密工程，化學過程工程，軟件工程
馬來西亞理工大學碩士專業
土木工程：土木工程，建設管理，環境管理，巖土工程，液壓與水文學，建造工程，運輸工程，法醫工程，項目管理
化學與能源：氣體工程管理，汽油工程，能源管理科學，健康與環境科學，環境工程，加工廠管理
計算機科學：信息安全，數據科學，計算機科學，高級計算機網絡
教育：化學教育，課程和教學碩士，教育和發展，教育心理學，教育科技，管理與行政，數學教育，測量與評估，物理教育，英語教育，技術與職業教育
建筑環境與測量：建筑學碩士，建造合同管理，旅游規劃，運輸規劃，城市與區域規劃，資產與設施管理，地理信息學，遙感，地理工程，房地產，土地管理與發展
信息技術：計算機系統工程，系統工程科學，信息學，商業智能和分析，信息保證科學，技術與創新政策，工程業務管理，工程教育，工程設計，可持續城市設計，專業科學，軟件工程，可持續基建
馬來西亞理工大學博士專業
1、工學院：專業設置：生物醫學工程博士、生物科學博士、健康科學博士。
2、建筑環境與測量學院：專業設置：建筑學博士、城市與區域規劃博士、交通規劃博士、測量學博士、景觀建筑學博士、地理信息學博士、遙感博士、土木工程博士、房地產博士、設施管理博士、土地管理與開發博士、水文學博士。
3、理學院：專業設置：物理學博士、化學博士、數學博士、生物科學博士。
4、阿茲曼·哈希姆國際商學院：專業設置：工商管理博士（專業學位）、管理學博士、信息系統博士。
5、馬來西亞-日本國際理工學院：專業設置：馬來西亞-日本國際理工博士。
6、拉扎克技術和信息學學院：專業設置：拉扎克技術和信息學博士、軟件工程博士（專業學位）。
